projekty

Tieto projekty z oblasti biochémie sú zamerané na výskum a vývoj nových algoritmov a metód pre predpovedanie proteínových štruktúr z proteínových reťazcov. Jednoduchšie povedané, výskum proteínových štruktúr je dôležitý napr. pre pokračujúci výskum ľudského genómu, výskum bunkových a medzibunkových procesov a vzťah medzi chemickým zložením proteínov a ich trojdimenzionálnou podobou. Praktický význam tohoto výskumu sa uplatňuje v medicíne pri vývoji nových liečiv na prakticky všetky známe choroby a v iných príbuzných vedných disciplínach.

Docking@Home

Oblasť	Štatút	Operačný systém	Režim prevádzky
Biológia, farmakológia	??	Linux 32/64 bit, Win 32/64 bit, Mac OS X PPC/Intel,	Alfa

Ciele: Docking@Home je spolupracujúci projekt, ktorý sa usiluje dosiahnuť ciele v biologickej disciplíne a počítačovej vede. Z biologického hľadiska, projekt sa usiluje podporovať vedomosti o detailoch atómovej mriežky proteínov a ich vzájomnej väzby, čím nájsť cestu pre objavenie nových liekov.

Prevádzkuje: Docking@Home využíva spoluprácu University of Texas - El Paso a The Scripps Research Institute (TSRI)

Oficiálna stránka projektu

Vytvorenie užívateľského konta:

Štatistika tímu BOINC.SK

Pripojte sa do tímu BOINC.SK

Slovenské diskusné fórum

Lattice Project

Oblasť	Štatút	Operačný systém	Režim prevádzky
Biológia	??	Linux 32 bit, Win 32 bit, Mac OS X PPC/Intel	Beta

Ciele: Lattice Project, založený na University Maryland Center for Bioinformatics and Computational Biology, je znova otvorený pre dobrovoľníkov. Lattice počíta niekoľko aplikácií, a zásobuje výpočtovým výkonom niekoľko výskumníkov Life Sciences. Aktuálne oblasti štúdia zahrňujú evolučné vzťahy založené na informáciách sekvencie DNA; bakteriálne, plazmické, a vírusové proteínové sekvencie; a biologická rozmanitosť v prírodných rezerváciách.

Prevádzkuje: University of Maryland

Oficiálna stránka projektu

Vytvorenie užívateľského konta

Štatistika tímu BOINC.SK

Pripojte sa do tímu BOINC.SK

Slovenské diskusné fórum: treba hľadať témy v Ostatné projekty

malariacontrol.net

Oblasť	Štatút	Operačný systém	Režim prevádzky
Epidemiológia	Neziskový	Linux 32/64 bit, Win 32 bit, Mac OS X Intel	Beta

Ciele: Už z názvu projektu je myslím úplne jasné, že tento projekt sa zaoberá výskumom choroby/vírusu malárie, návrhom a teoretickým testovaním nových liečiv ale zároveň aj predpovedaním jej šírenia na základe biologických, sociálnych a polulačných modelov. Je založený, rovnako ako prakticky všetky ostatné projekty, na výpočtovo vysoko náročných simuláciach.

Prevádzkuje: The Swiss Tropical Institute - AFRICA@home je aktuálne združenie Swiss Tropical Institute (STI), University of Geneva (Département d'informatique), European Organization for Nuclear Research (CERN) a mimovládnych organizácií International Conference Volunteers (ICV) a Informaticiens sans Frontières (ISF). Združenie dostalo grant od nadácie Geneva International Academic Network (GIAN) na spustenie AFRICA@home projektu.

Oficiálna stránka projektu

Vytvorenie užívateľského konta

Štatistika tímu BOINC.SK

Pripojte sa do tímu BOINC.SK

Slovenské diskusné fórum

POEM@HOME

Oblasť	Štatút	Operačný systém	Režim prevádzky
Biológia	??	Linux 32 bit, Win 32 bit,	Alfa

Ciele: Výskum a predikcia proteínových štruktúr

Prevádzkuje: Forschungszentrum Karlsruhe, Biomolecular Structure Prediction Group

Oficiálna stránka projektu

Vytvorenie užívateľského konta: z BOINC Managera

Štatistika tímu BOINC.SK

Pripojte sa do tímu BOINC.SK

Slovenské diskusné fórum

Predictor@home

Ciele: Predictor@home je experiment svetovej komunity a usiluje sa použiť distribuovaný výpočet cestou dobrovoľných zdrojov na zostavenie superpočítača schopného predikovať štruktúru proteínov zo sekvencie bielkovín. Jeho práca smeruje do analýzy a vyhodnotenia nových algoritmov a metód prognózy štruktúry proteínov. Cieľom sú využiť tieto prístupy spolu s nesmiernym počítačom výkonom, ktorý môže byť pripojený cez internet a dobrovoľníkov po celom svete (Vás!) na určenie rozhodujúcich bio-medicínskych otázok proteínov as nimi súvisiacich chorôb.

Pozn.: Tento projekt však stratil dôveru (nielen nášho tímu) nie pre svoje zameranie, ale pre postoje vedenia projektu voči širokej verejnosti podieľajúcich sa dobrovoľníkov. Výsledkom toho je i veľmi malý nárast spracovaných jednotiek, čo si môžete pozrieť napr. na tejto štatistike.

Rosetta@home

Ciele: Rosetta@home potrebuje Vašu pomoc na určenie 3-rozmerných tvarov proteínov vo výskume, ktorý môže koniec-koncov viesť k objaveniu liekov na niektoré závažnejšie ľudské choroby. Prevádzkovaním programu Rosetta na Vašom počítači vo chvíľach kedy ho nepotrebujete, budete pomáhať zrýchliť a rozšíriť skúmanie spôsobom, akým by to bez vašej pomoci určite nebolo možné. Tiež budete pomáhať v úsilí modelovania nových proteínov pre boj s chorobami ako HIV, malária, rakovina, a Alzheimerova choroba (viď Disease Related Research pre ďalšie informácie).

RALPH@home

Ciele: RALPH@home je oficiálny alfa testovací projekt pre Rosetta@home. Nové aplikačné verzie, pracovné jednotky, a inovácie všeobecne, budú testované v tomto projekte pred rutinným používaním. Cieľom pre RALPH@home je zdokonaliť Rosetta@home.

SIMAP

Ciele: Vypočítava podobnosť medzi proteínmi. Poskytuje verejnú databázu výsledkov, ktoré hrajú kľúčovú úlohu v mnohých výskumných projektoch bioinformatiky

Superlink@Technion

Ciele: Superlink@Technion pomáha genetikom po celom svete hľadať gény vyvolávajúce choroby, spôsobujúce niektoré typy cukrovky, hypertenzie (vysokého krvného tlaku), rakoviny, schizofrénie a mnoho iných. Zapojením sa do tohoto projektu budete tiež pomáhať v úsilí modelovať nové proteíny pre boj s chorobami ako HIV, malária, rakovina, a Alzheimerova choroba.

Prevádzkuje: Distributed Systems Laboratory a Computational Biology Laboratory, Technion, Israel

TANPAKU

Ciele: Japonský projekt na platforme BOINC. Tento projekt je zameraný, podobne ako Predictor@home, na predpovedanie štruktúry proteínov. Viac sa môžete dočítať v diskusnom fóre.

Prevádzkuje: Tokyo Iniversity of Science. Tento projekt je vyvíjaný v spolupráci s Yamato lab. (Department of Biological Science and Technology) a Takeda lab. (Department of Information Sciences), skupinami na Tokyo University of Science.

World Community Grid

Tento projekt sa po pripojení k BOINC zo svojich dvoch (Human Proteome Folding, FightAIDS@Home) aplikácií postupne rozrastá. Do pôvodne čisto biologickej oblasti zaraďuje toto spločenstvo i také oblasti ako africká klíma, a zrejme sa bude rozširovať ďalej.

Oblasť	Štatút	Operačný systém	Režim prevádzky
Humanita	Neziskový	??	Rutinný

Ciele: Úlohou World Community Grid je vytvoriť najväčšiu verejnú výpočtovú sieť prospešnú ľudstvu. Svoju prácau zakladá na presvedčení, že technologická inovácia v kombinácii s vizionárskym vedeckým výskumom a rozsiahlou dobrovoľnou činnosťou môže zmeniť náš svet na lepší. Jeho úspechy závisia na jednotlivcoch podobným Vám, kolektívne prispievajúcich neužitým časom svojho počítača pre túto nezárobkovú snahu.

Prevádzkuje: IBM korporácia, leader v tvorbe, vývoji a výrobe najpokrokovejších priemyselných informačných technológií, darovala technické vybavenie, softvér, technické služby a posudok na vybudovanie infraštruktúry pre World Community Grid a poskytuje bezplatne hosting, údržbu a podporu.

Aplikácie: Vzrušujúca práca je teraz v prúde na projektoch, ktoré predstavujú obrovský potenciál v prospechu ľudstva. (FightAIDS@Home, Help Conquer Cancer, Human Proteome Folding - Phase 2, Discovering Dengue Drugs – Together, AfricanClimate@Home)

Prihlásiť sa k projektu je možné z centrálneho projektu, v ňom si zvoliť, na ktorých aplikáciách sa chcete podieľať.

Články na stránkach boinc.sk:

World Community Grid zakladné info,

Poznámky k projektu: V júni 2007 bola dokončená fáza 1 projektu Help Cure Muscular Dystrophy. Vedci z tohoto projektu v súčasnosti analyzujú výsledky a pripravujú jeho druhú fázu. Ukončené boli projekty Genome Comparison (november 2006 až júl 2007), Help Defeat Cancer (júl 2006 až apríl 2007), Human Proteome Folding - Phase 1 (november 2004 až júl 2006).

Oficiálna stránka projektu

Vytvorenie užívateľského konta:

Štatistika tímu BOINC.SK

Pripojte sa do tímu BOINC.SK

Slovenské diskusné fórum 2 témy

FightAIDS@Home

(Projekt sa pripojil pod WCG v novembri 2005)

Oblasť	Štatút	Operačný systém	Režim prevádzky
Farmakológia	Neziskový	??	Rutinný

Ciele: Ako je už asi aj z jeho názvu jasné, projekt je zameraný na výskum nových liečiv proti chorobe AIDS resp. na liečbu vírusu HIV, zakladajúcich sa na molekulárnej štruktúre. Zjednodušene jeho jadro tvorí výpočtový systém, ktorý sa snaží predpovedať ako malé molekuly (liečivá) sú schopné pôsobiť resp. sa viazať na konkrétne receptory tkaniva pri ich známej 3D molekulárnej štrukúre a tak účinne pôsobiť proti postupe choroby.

Prevádzkuje: The Olson Laboratory, The Scripps Research Institute

Oficiálna stránka projektu

Vytvorenie užívateľského konta

Štatistika tímu BOINC.SK

Pripojte sa do tímu BOINC.SK

Slovenské diskusné fórum

Help Conquer Cancer

(projekt pod WCG)

Oblasť	Štatút	Operačný systém	Režim prevádzky
Rakovina	Neziskový	??	Rutinný

Ciele: Úlohou Help Conquer Cancer som zlepšiť výsledky ožarovacej kryštalografie proteínov, ktorá pomáha výskumníkom nielen komentovať neznáme časti ľudského proteómu, ale čo je dôležité, zlepšuje ich pochopenie iniciácie, progresie a liečenia rakoviny.

Prevádzkuje: WCG

Oficiálna stránka projektu

Vytvorenie užívateľského konta:

Štatistika tímu BOINC.SK

Pripojte sa do tímu BOINC.SK

Slovenské diskusné fórum

Human Proteome Folding - Phase 2

(projekt pod WCG)

Oblasť	Štatút	Operačný systém	Režim prevádzky
Biológia, Biofyzika	Neziskový	??	Rutinný

Ciele: Human Proteome Folding Phase 2 (HPF2) pokračuje tam, kde jeho prvá fáza skončila. Dva hlavné ciele projektu sú:

získať štruktúry s vysokým rozlíšením pre špecificky ľudské proteíny a patogénne proteíny a
ďalej skúmať medze prognózy štruktúry proteínov ďalším vývojom softvéru predikcie štruktúry - Rosetta.

Teda, projekt bude zameraný na dve veľmi dôležité paralelné požiadavky, jednu biologickú a jednu biofyzikálnu.

Prevádzkuje: WCG

Oficiálna stránka projektu

Vytvorenie užívateľského konta:

Štatistika tímu BOINC.SK

Pripojte sa do tímu BOINC.SK

Slovenské diskusné fórum

Discovering Dengue Drugs – Together

(projekt pod WCG)

Oblasť	Štatút	Operačný systém	Režim prevádzky
Farmakológia	Neziskový	??	Rutinný

Ciele: Úlohou Discovering Dengue drogy – Together som určiť priaznivý liek, smerujúci k boju s chorobami ako horúčka dengue, hepatitída C, vírusy západnéhoNílu a žltej zimnice. Rozsiahly výpočtový výkon World Community Grid bude používaný na dokončenie štrukturálnych liekov odhalením výpočtov požadovaných k ich určeniu.

Prevádzkuje: WCG

Oficiálna stránka projektu

Vytvorenie užívateľského konta:

Štatistika tímu BOINC.SK

Pripojte sa do tímu BOINC.SK

Slovenské diskusné fórum

AfricanClimate@Home

(projekt pod WCG)

Oblasť	Štatút	Operačný systém	Režim prevádzky
Klimatológia	Neziskový	??	Rutinný

Ciele: Úlohou AfricanClimate@Home sú vyvinúť presnejšie klimatické modely špecifických oblastí v Afrike. Tieto budú slúžiť ako základ pre pochopenie ako sa bude meniť klíma v budúcnosti, aby opatrenia navrhnuté na zmiernenie negatívnych dôsledkov klimatických zmien mohli byť zrealizované. obrovský výpočtový výkon World Community Grid bude použitý na poznanie a zredukovanie neistoty, s ktorou sú klimatické procesy Afriky simulované.

Prevádzkuje: WCG

Oficiálna stránka projektu

Vytvorenie užívateľského konta:

Štatistika tímu BOINC.SK

Pripojte sa do tímu BOINC.SK

Slovenské diskusné fórum

yoyo@home

Oblasť	Štatút	Operačný systém	Režim prevádzky
Biológia + Matematika	Nekomerčný	Linux 32/64 bit, Win 32 bit, Mac OS X PPC/Intel, FreeDSB, Solaris on SPARC, Sony Playstation 3 s Linux	Beta

Ciele: Vloženie tzv, nonBOINC projektov pod BOINC.

yoyo@home prináša existujúce distribuované výpočtové projekty do BOINC sveta použitím Boinc Wrapper technológie.
yoyo@home aktuálne riadi dva sub-projekty:

evolution@home (beta) simuluje vývin zjednodušeného modelu biologickej reality.
distributed.net klient, ktorý spracováva OGR pracovné jednotky. Tento projekt hľadá najkratšie optiálne Gulombovo pravítko (Optimal Golumb Ruler) dĺžky 25.

Na distributed.net štatistickom servri je tento projekt registrovaný s vlastným kontom. Všetky distributed.net štatistiky budú ohodnotené kreditom na ňom.
yoyo@home na distributed.net ako participiant a team

Projekty, ku ktorým sa chcete pripojiť, môžete zvoliť na stránke Vášho konta v projekte, nastavením preferencií projektu.

Prevádzkuje: Rechenkraft.net

Oficiálna stránka projektu

Vytvorenie užívateľského konta: z BOINC Managera

Štatistika tímu BOINC.SK

Pripojte sa do tímu BOINC.SK

Slovenské diskusné fórum